L'ONU a déclaré que la Somalie était un pays sans gouvernement entre 1992 et 2000. Suite au retrait des forces de l'ONU en 1995, 3 zones autonomes ont fusionné pour constituer la Somalie, le Gouvernement fédéral de transition (TFG), la République du Somaliland et l'Etat du Puntland. Plusieurs autres zones ont fait sécession et ont été réintégrées dans une de ces trois zones au fil des ans. En 2002, la Conférence de la réconciliation nationale somalienne (SNRC) a été organisée et à cette occasion, plus de 400 délégués issus de tous les clans se sont réunis pour former un nouveau gouvernement. Le Somaliland n'y participait pas. En 2003, la SNRC a adopté la Charte fédérale de transition (TFC), qui a été aussitôt contestée par plusieurs factions mais adoptée en 2004. La Charte n'a jamais été appliquée, mais une Assemblée fédérale de transition (TFA) de 275 membres a été instituée.

L'ancien président du Puntland a été nommé Président fédéral de transition. Il a nommé le Premier ministre et ils ont formé un gouvernement ; néanmoins, ils ont reçu un vote de non confiance de la TFA. En 2005, la TFA a accepté un nouveau gouvernement de 89 personnes basé sur une représentation proportionnelle fixe. Sur les 275 sièges de la TFA, 22 sont occupés par des femmes. Une femme est ministre et 4 sont ministres adjointes. L'exigence légale selon laquelle au moins 12% des membres du Parlement doivent être des femmes n'a pas été respectée. 31 membres de groupes ethniques minoritaires font partie de la TFA et 4 possèdent des postes gouvernementaux.

Les représentants de la République du Somaliland n'ont pas reconnu les résultats du SNRC et le Somaliland possède une Constitution et un Parlement bicaméral avec une représentation clanique proportionnelle. Il possède également des institutions qui fonctionnent sur la majeure partie du territoire. Des élections présidentielles au Somaliland ont eu lieu en avril 2003, trois partis y participaient. Le Président sortant a été réélu. Deux femmes font partie de la Chambre basse du Parlement du Somaliland et le poste de ministre des affaires étrangères est occupé par une femme. Le Parlement somalilandais et le gouvernement n'incluent pas de représentants des groupes minoritaires. Cinq femmes font partie du Conseil des aînés du Puntland, qui compte 69 sièges.

L'administration du Puntland a interdit tous les partis politiques et toutes les manifestations. Des affrontements inter- et intraclaniques continuent, aucun groupe ne contrôlant plus d'une fraction du territoire. En 2006, l'Union des tribunaux islamiques (ICU), qui faisait office d'opposition à la TFA, a acquis de l'importance et a pris le contrôle de Mogadiscio au gouvernement intérimaire. Les milices de l'ICU se sont emparées de plusieurs villes jusqu'à la frontière de la Somalie avec l'Ethiopie, contrôlant le mouvement des milices et leur matériel. La TFA a répondu en se déplaçant de la capitale à Baidoa. Le gouvernement éthiopien a ensuite envoyé son armée en Somalie, écrasé l'ICU et permis au gouvernement élu de revenir à la capitale. Des attaques sporadiques ont depuis été menées par l'ICU et les troupes éthiopiennes sont rentrées chez elles. L'Union africaine doit aider le gouvernement à maintenir l'ordre.

La justice ne repose pas sur un droit codifié et les systèmes judicaires sont absents de la majorité du pays. L'Union des tribunaux islamiques a institué la loi de la Charia. Une combinaison du droit traditionnel et du droit coutumier, la Charia et un ancien Code pénal sont généralement utilisés. Amnesty International déclare que les normes internationales relatives à l'équité des procès ne sont pas respectées. La Charte, non appliquée, instaure l'Islam comme religion officielle et le Somaliland et le Puntland ont fait de l'Islam la religion officielle de leurs régions.

L'école de droit sunnite Shafi'i est suivie par la majorité des citoyens et constitue la seule interprétation de l'Islam autorisée au Puntland, où les forces de sécurité contrôlent étroitement les activités religieuses. Les écoles religieuses et les lieux de culte doivent obtenir une autorisation avant de s'installer au Puntland et au Somaliland. Les musulmans sunnites représentent la majorité de la population et les musulmans non sunnites font l'objet de suspicions.

La TFC non appliquée interdit la discrimination sur la base du sexe et de l'origine nationale mais la discrimination demeure un grave problème. La Constitution du Somaliland interdit la discrimination sur la base du sexe et de l'origine nationale mais ces dispositions ne sont pas non plus respectées dans la pratique.

Les membres des forces de police doivent leurs postes à des relations politiques, par conséquent une force inefficace et corrompue est chargée de maintenir l'ordre. Les groupes paramilitaires soutiennent activement plusieurs seigneurs de guerre. La TFC non appliquée interdit la torture, comme le fait la Charte du Puntland, à moins qu'elle ne soit ordonnée par les tribunaux de la Charia en accord avec le droit musulman. On dénonce des tortures et des brutalités policières au Somaliland, et le viol est utilisé comme une arme de guerre. La corruption est endémique.

La liberté d'expression et de la presse sont garanties dans le TFC et dans la Constitution somalilandaise, toutefois les harcèlements, les arrestations et les détentions de journalistes sont fréquentes dans toutes les zones du pays. La Charte du Puntland garantit la liberté de la presse « tant que les journalistes respectent la loi ». Des quotidiens brefs et photocopiés sont publiés par les factions politiques. Les programmes d'information étrangers en langue somali offrent des informations à la plupart des citoyens. Le Réseau des journalistes somaliens déclare que les seigneurs de guerre, les milices, les clans, les tribunaux islamiques et les groupes armés représentent des menaces pour la sécurité des journalistes et que les détentions et les assassinats de journalistes ont augmenté. Les stations de radio et de télévision indépendantes sont interdites au Somaliland, tandis que l'accès à Internet n'est pas limité.

La Somalie est une source et une destination pour le trafic des femmes et des enfants et les organisations des droits humains déclarent que le trafic s'immisce par le Puntland. Le trafic serait omniprésent en Somalie. Des enfants sont victimes de trafic à des fins de travail forcé. De plus en plus d'enfants seraient victimes de trafic, ces enfants travaillent à l'extérieur du pays et leurs salaires sont envoyés à leurs familles. Des femmes et des enfants somaliens sont victimes de trafic à des fins d'exploitation sexuelle et de travail forcé.

Le système éducatif est en ruines et depuis 1991 très peu d'opportunités existent pour la scolarisation des enfants. L'Union européenne évalue que moins de 3% de l'ensemble des enfants de tous les groupes d'âges sont inscrits dans des programmes d'éducation formelle. L'UNICEF rapporte que seulement 22% des enfants en âge de scolarité suivent une forme d'enseignement et que la majorité des élèves sont des garçons. Les taux de fréquentation scolaire seraient maintenant en hausse mais on constate des différences selon les régions.

Un système traditionnel d'écoles coraniques et un système public d'écoles primaires et secondaires existent dorénavant au Somaliland et au Puntland. Son financement est assuré par des donateurs et des communautés étrangères. Un système privé d'écoles primaires et secondaires, d'universités et d'instituts de formation professionnelle existe également. Peu d'enfants qui commencent l'enseignement primaire achèvent l'enseignement secondaire. Les matériels de toutes sortes manquent cruellement.

Comme souvent à la suite des conflits, peu d'enseignants ont été formés et ils sont très mal payés. Les communautés doivent souvent financer le salaire de l'enseignant. Aucune statistique fiable n'existe mais le taux d'alphabétisation serait de 25%. Des enseignants étrangers auraient été attirés dans le pays afin d'enseigner dans des madrasas privées peu coûteuses. Ils fournissent une éducation fondamentale et diffuseraient des pratiques islamiques conservatrices.

Le programme d'EPE, d'une durée de trois ans, débute à l'âge de trois ans.

L'enseignement primaire commence à 6 ans et dure 6 ans.

L'enseignement secondaire commence à 12 ans et s'achève 7 ans plus tard.

1 139 étudiants étudient à l'étranger, principalement en Inde (146), en Malaisie (123), en Arabie Saoudite (111), au Royaume-Uni (86) et au Pakistan (80).

Les besoins des personnes handicapées ne sont pas satisfaits. Au Somaliland, des ONG locales offrent certains services aux personnes handicapées mais on dénonce plusieurs cas de discrimination et d'abus des personnes handicapées mentalement. Le groupe d'experts indépendants des Nations unies a soulevé le problème de l'asi walid, une coutume qui permet aux parents d'envoyer leurs enfants en prison pour des motifs disciplinaires sans qu'aucune procédure légale n'ait lieu. De nombreux adolescents sont incarcérés sans aucune chance de recevoir une éducation formelle.

Aucune disposition n'existe au sujet de l'octroi du statut de réfugié ou de l'asile conformément à la Convention des Nations Unies de 1951 relative au statut des réfugiés ou à son Protocole de 1967. Les autorités somalilandaises coopèrent avec le HCNUR pour aider les réfugiés et les demandeurs d'asile. Des rapports en provenance de camps de réfugiés au Kenya signalent que des « bandits somaliens » pillent pendant la journée et violent les femmes et les filles qui quittent les camps pour exécuter les tâches nécessaires ; ces bandits reviendraient dans les camps de réfugiés pendant la nuit.

L'expert indépendant des Nations unies sur les droits humains (UNIE) classe entre 370 000 et 400 000 réfugiés de la zone dans la catégorie des plus vulnérables. Plus de 270 000 personnes déplacées dans leur propre pays (PDP), principalement des femmes et des enfants, habitent dans des camps temporaires à Mogadiscio et à Kismaayo. Les camps de PDP sont surpeuplés et offrent peu, ou pas, d'opportunités en matière d'éducation. Aucune autorité locale ou des Nations unies n'est responsable de ces camps. On s'attend à ce que les troubles actuels augmentent le nombre de PDP.

La majorité des citoyens partagent un héritage ethnique, une religion et une culture nomade communs, malgré le fait que les groupes qui n'appartiennent pas au clan prédominant soient exclus de la participation aux institutions et soient victimes de discriminations dans l'accès aux services publics.

L'UNIE évalue que les groupes minoritaires représentent jusqu'à un tiers de la population. Les groupes minoritaires, et les clans considérés comme des castes inférieures, comprennent les Bantu, les Benadiri, les Reer Hamar, les Bravanese, les Swahili, les Toumal, les Yibir, les Yaxar, les Madhiban, les Hawrarsame, les Muse Dheryo et les Faqayaqub. Les mariages entre les groupes minoritaires et les clans majoritaires sont limités. Certains groupes minoritaires, mais pas tous, bénéficient d'un accès à l'éducation. Ils vivent dans des conditions de grande pauvreté et sont victimes de discrimination et d'exclusion. En 2007, la Somalie aurait remplacé l'Irak au titre de pays le plus dangereux du monde pour les groupes minoritaires.

Les universitaires pratiqueraient l'autocensure. Un professeur qui a critiqué l'administration somalilandaise a été déclaré persona non grata au Somaliland. Au Puntland, les universitaires doivent obtenir une autorisation du gouvernement avant de mener des recherches. Il y a deux universités à Mogadiscio, deux au Somaliland et une au Puntland mais aucun système d'enseignement supérieur organisé ne fonctionne dans la majorité du pays.

Les femmes n'ont pas les mêmes droits que les hommes et sont subordonnées en raison d'une culture patriarcale forte. La polygamie est autorisée. L'héritage des femmes représente la moitié de celui de leurs frères. La violence contre les femmes représente un sérieux problème et aucune loi n'aborde les violences domestiques. La loi de la Charia comme le droit coutumier exigent que les disputes domestiques soient résolues au sein de la famille. Le HCNUR rapporte que les maris qui ont perdu leurs rôles traditionnels maltraitent souvent leurs épouses.

On accuse les membres de la police et des milices d'utiliser le viol comme une arme dans les conflits interclaniques et les femmes et les filles des camps de réfugiés ou de personnes déplacées sont vulnérables face à la violence sexuelle qui a propagé le virus du VIH. Le Somaliland a assisté à une augmentation des viols perpétrés par les gangs dans les zones urbaines, principalement par des gangs de jeunes, des membres des forces de polices et des étudiants masculins, bien que tous les cas ne soient pas dénoncés.
L'infibulation, qui est la forme la plus sévère des mutilations génitales féminines, est largement pratiquée dans toute la Somalie.

L'ancien Code du travail et la TFC non appliquée interdisent le travail des enfants, toutefois les enfants font partie des principales victimes de la violence incessante. Le chômage a raréfié l'embauche des enfants par le secteur formel mais les enfants, dès un très jeune âge, travaillent dans l'agriculture, l'élevage du bétail ou les tâches domestiques. Le manque d'opportunités en matière d'éducation contribue au travail des enfants.

Le rapport annuel de 2006 du Secrétaire général des Nations unies sur les enfants et les conflits armés fait état de graves violations en Somalie : assassinat ou mutilation, enrôlement ou utilisation d'enfants soldats, attaques contre des écoles ou des hôpitaux ainsi que viols et enlèvements. Aucune statistique récente n'est disponible sur le travail des enfants mais pour l'année 2000 l'OIT a estimé que 455 000 enfants âgés de 10 à 14 ans étaient économiquement actifs (213 000 filles et 242 000 garçons), ce qui représente 31% de ce groupe d'âge.

Le trafic des enfants à des fins de travail forcé serait un grave problème. L'UNIE sur la Somalie rapporte que des enfants de moins de 15 ans sont enrôlés par des milices et que des enfants de seulement 10 ans servent de gardes du corps personnels. Le HCNUR déclare que les enfants réfugiés sont victimes de viols, de sodomie, de mariages précoces ou forcés et de grossesses non désirées. La Constitution du Somaliland ne prévoit pas d'âge minimum de recrutement dans les forces armées, qui comprendraient des mineurs. Un système inadéquat d'enregistrement des naissances complique la vérification de l'âge des recrues. La prostitution infantile et la traite des enfants à des fins de travail forcé représentent de sérieux problèmes.

En vertu de la TFC non appliquée, les travailleurs ont le droit de fonder des syndicats et d'y adhérer. La guerre civile a entraîné la désintégration de la confédération syndicale, la General Federation of Somali Trade Unions. Les salaires et les conditions de travail dépendent de l'offre et de la demande et des influences claniques. Des grèves ont eu lieu au Puntland pour protester contre les prix élevés du fuel et l'augmentation des taxes. Le travail forcé ou obligatoire est interdit mais répandu. Les milices claniques forcent les membres des groupes minoritaires à travailler sans dédommagement. Les Bantus souffriraient particulièrement de tels abus.