Le Soudan est une république autoritaire dont le Président et son parti, Parti du Congrès national (NCP), se sont emparés du pouvoir par un coup d'état militaire en 1989. Depuis 1999, une lutte pour le pouvoir entre le Président et le président du Parlement a entraîné l'exclusion de ce dernier et son emprisonnement ainsi que l'instauration d'un état d'urgence national par un décret présidentiel. En 2000, des élections présidentielles et parlementaires, jugées frauduleuses, ont été organisées et le Parlement a été réinstauré en 2001.
Des conflits ethniques et religieux violents se sont produits et l'état d'urgence a pris fin lorsque le Mouvement de libération du peuple soudanais, le Mouvement de libération du Soudan ainsi que le Mouvement pour la justice et l'égalité ont signé un Accord de paix global (CPA) et adopté une Constitution. Dans le cadre de cet accord, 9 membres de l'Armée de libération du peuple du Soudan (ALPS) et 16 membres du gouvernement ont été nommés ministres en 2005, formant le premier Gouvernement d'unité nationale après la guerre, au pouvoir jusqu'à la tenue d'élections en 2009. Cependant, les principaux ministères ont continué à faire l'objet de disputes pour leur contrôle : l'énergie, la défense, l'intérieur et les finances.
L'Assemblée nationale totalise 450 membres et le Conseil des états compte 50 membres élus par les corps législatifs étatiques ; tous exercent des mandats de 6 ans. Une présidence composée de trois membres dirige le gouvernement et les postes législatifs et ministériels sont répartis selon une formule accordant 52% des postes au NCP, 28% au SPLM et 14% aux partis de l'opposition du nord. 6% des postes sont réservés aux partis du sud. Les femmes occupent 66 sièges à l'Assemblée et dirigent 2 ministères sur un total de 50.
Au Darfour, les milices soutenues par le gouvernement (janjawids) continuent de commettre de graves violations des droits humains, tuent des milliers de civils, rasent des villages et torturent les femmes. La Commission internationale d'enquête sur le Darfour de l'ONU a conclu que « bien que le gouvernement n'ait pas poursuivi une politique de génocide directement ou par l'intermédiaire des milices qu'il contrôle, des violations des droits humains et du droit international ont été commises qui pourraient être considérés comme des crimes de guerre ».
Des millions de personnes sont déplacées au sein de leur propre pays ; plus de 210 000 réfugiés ont fui au Tchad. Malgré la présence de la Mission de l'Union africaine au Soudan (MUAS), la violence perdure et des preuves continuent d'apparaître au Darfour de ce qu'on qualifie de plus en plus de génocide. Les équipes de l'ONU ont enquêté sur la situation au Darfour et le Conseil de sécurité de l'ONU a déféré la situation au Darfour à la Cour criminelle internationale (CCI). Le Procureur général a ouvert une enquête au Darfour sans la coopération du gouvernement soudanais, qui a refusé de remettre tout criminel lié au conflit. L'enquête a entraîné des accusations de crimes de guerre devant la CCI.
On estime que 15 000 femmes et enfants dinka ont été enlevés et entre 10 000 et 12 000 personnes sont toujours portées disparues. Certaines auraient été vendues comme esclaves tandis que d'autres auraient rejoint l'armée. La Commission internationale d'enquête sur le Darfour de l'ONU a constaté que « le viol ou d'autres formes de violences sexuelles perpétrés par les janjawids et les soldats du gouvernement au Darfour étaient répandus et systématiques ».
Le système judiciaire serait au service du Président et des forces de sécurité. Le gouvernement considère l'Islam comme la religion d'Etat, qui doit être présente dans les lois, les institutions et les politiques.
La discrimination basée sur la race, le sexe ou la religion est interdite, mais persiste selon des non-musulmans, des musulmans non-arabes et des musulmans de différentes factions.
Les enfants des camps pour mineurs sans-abri doivent étudier le Coran. Les châtiments corporels en accord avec la loi de la Charia incluent le fouet, l'amputation, la lapidation et l'exposition publique d'un corps après son exécution. Les états du sud sont exemptés de la loi de la Charia.
Transparency International rapporte que la corruption est perçue comme sévère. Les représentants du gouvernement et leurs familles sont accusés de posséder des entreprises faisant affaire avec le gouvernement. La corruption de la police est généralisée et l'impunité représente un sérieux problème.
L'accès à l'information n'est garanti ni par la loi ni dans la pratique. La liberté de pensée, d'expression et de la presse sont régulées par la loi et sévèrement limitées dans la pratique. La radio et la télévision doivent refléter les politiques gouvernementales. La censure officielle a pris fin en même temps que l'état d'urgence mais les journalistes pratiquent l'autocensure. Les citoyens qui peuvent se le permettre ont accès aux médias électroniques étrangers et l'accès à Internet n'est pas limité.
Les lois de la Charia et d'état d'urgence interdisent l'exploitation sexuelle mais le trafic est omniprésent. Des dirigeants tribaux transporteraient des enfants vers le Golfe Persique où ils seraient utilisés comme jockeys de chameau ou travailleurs agricoles.
Les milices du gouvernement encouragent la haine et la discrimination dans le but d'exciter les violences tribales. L'homosexualité est un crime.
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